no soy experta en tema de nóminas, pero intento ayudarte en lo que sé.
si has recibido el mismo sueldo durante tus meses de baja, es que la empresa se ha encargado de la diferencia que no ha pagado la seguridad social. en la nómina aparece la ayuda de la SS como «complemento IT» y la compensación de la empresa como «prestación enfermedad cargo empresa».
los días de cotización en tu nómina son los mismos de siempre.
ahora, si la empresa no te ha dado de alta, entonces es ella la que tiene que arreglarlo, y como bien ha dicho joseba, seguramente le van a multar por no haberlo comunicado. si tu has presentado el alta en la empresa correctamente, no es tu culpa y no deberías perder nada.
espero haberte ayudado, si alguien ve que me equivoco en algo, que lo diga porfi 🙄